深海钻井计划唤醒了远古海底怪兽，摩斯拉破茧而出，却发现在海底，她不是唯一的守护神。
人类在太平洋马里亚纳海沟进行深海能源开采，意外凿穿了一层地壳封印，释放出三头远古海兽：双鳍龙、巨钳蟹王与深海之主“克拉肯”。它们开始向沿海都市进发，形成海啸墙。摩斯拉感应到地球失衡，提前破茧迎战。但在海底第一回合，摩斯拉被克拉肯重创。受伤的摩斯拉发出求救信号，没想到召唤来的不是哥斯拉，而是另一只从未记载的守护兽——银鳞巨鲸“阿库娅”，它自称是摩斯拉的海底版“姐姐”。双巨兽必须联手，在海陆空展开最终决战，而人类发现，克拉肯的目标不只是陆地，而是重启整个地球的海陆版图。
东宝怪兽宇宙的惊喜之作，海底战斗场面想象力炸裂。摩斯拉这次不再只是卖萌，而是真正展示了“战斗妖精”的恐怖实力，新怪兽阿库娅的设计充满美感，双兽合体技燃到爆炸，彩蛋里哥斯拉的脚印让人尖叫。
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